“我想起来了……”沉睡的记忆与真相即将觉醒。故事以长野县为舞台，高人气角色“长野三人组”大和敢助、诸伏高明、上原由衣将登场亮相。当毛利小五郎警视厅时期同事“鳄鱼”遭遇意外，与致使大和敢助“独眼”的神秘 工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对 烦恼星人入侵地球，制造各种各样的烦恼，让你起不了床，读书记不住，体重爆表！这些烦恼持续太久后，还会把你也变成烦恼星人，人类就此陷入灭种危机！幸好，钻石天文台智商500的女娃博士用“勇气”和“快乐”研制 体力太差跑不动？老是忘东又忘西！原来人类的烦恼有可能不是自己造成的，而是烦恼星人制造的！还好，智商500的女娃博士用勇气与快乐能量创造出《超迷你战士》来帮助人类打败烦恼！虽然在大决战中暂时打退了可恶的 
