在“超高校级的绝望”带来的“人类史上最大最恶的绝望事件”之下，世界陷入了濒临崩坏的绝境。为了拯救这个充满绝望的世界，“未来机关”由原希望峰学园的校长与师生们集结而成了。其中就包括了曾经打倒了江之岛盾子
少年红英司因收到失踪已久的姊姊红绫香的一封信，潜入神秘富豪葛莱因‧桑德曼居住的[圣日耳曼城]去寻找姊姊， 却不巧碰上对地球觊觎已久的外星异种前来袭击，在桑德曼有计划的引导下，红英司便煳涂的与众人一起乘
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
在平行空间的圣十字大陆上，邪恶魔王撒旦（逢坂良太 配音）派出魔军侵略周围的领土。人类在勇士艾米利亚（日笠阳子 配音）的率领下奋起反抗，最终攻入魔宫，迫使撒旦逃离此地。当魔王恢复意识后，发现自己竟然和忠
被各國分割統治的中世的神州·日本，其上空8艘艦艇所组成的都市艦「武藏」航行著-—遥遠的未来，經歷了「重奏統合爭乱J，胸懷各自的思虑和决心，協力開拓未來的人們，遵循著赌上人類命運的「聖譜」而進行著歷史的
