经过1800年的岁月洗礼，源自古老中国大陆的暗杀拳——北斗之拳终于迎来最强盛的时刻。掌门人琉泉收养的四位养子：拉奥、托奇、加基和健四郎经受住无数磨练，早已锻炼出强壮之躯。为了防止武功外泄，千百年来北斗
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
故事讲述住在冲绳离岛上的桥本骏(村田 配音)，结识了失去父母的孤独高中生知花实央(松冈 配音)，两位少年成了好友。实央为了快点成长为大人，决定离开本岛，两人渐渐断了联系。3年后，实央却再次出现在骏的面
沖縄に転校した中村照秋（てーるー）は、同じクラスの喜屋武さんを好きになった。
14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（
