动画《美男高中地球防卫部LOVE ! LOVE !》之后，山本和臣、梅原裕一郎、西山宏太朗、白井悠介、增田俊树等防卫部的成员也再次集结，谱写出新的故事。
相田爱在老师的信赖下，成为了大贝第一中学学生会会长。在一次社会科的户外活动，她和同学来到地标建筑四叶塔（Clover Tower）参观，一路上忙着照顾众人。就在她终于可以停下来，期待展望台的景色时，巨
14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（
[B]在遙遠的星球上，為了保存一族血脈.凱米亞被選為被送到地球上與地球人交配的聖母。他的哥哥肯雖然深愛著他，卻不得不幫忙完成這計劃…… 凱米亞的身體開始為了受孕而起了種種變化，當他發現是怎麼回事時，他
仁王丸は阿仁王と吽仁王の息子。本当は人間の子だが、わけあって阿仁王と吽仁王の息子として育てられている。
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。在文明遭到毁灭的石之世界（STONE WORLD）里，千空决定要用科学的力量复原整个世界。而与此同时苏醒过来的有
某一日，人类平静的生活因为一种名叫“兽”的生物的侵袭而彻底画上了句号。当最后的人类威廉（新井良平 配音）从沉睡之中醒来时，他发现，已经500年过去了，而威廉的身上，承载了人类延续的最后的希望。
